High-Throughput Sequencing in Phytopathology: Genomics-Driven Diagnostics and Host-Pathogen Interactions

High-Throughput Sequencing in Phytopathology: Genomics-Driven Diagnostics and Host-Pathogen Interactions | SciELO Preprints window.dataLayer = window.dataLayer || []; function gtag(){dataLayer.push(arguments);} gtag('js', new Date()); gtag('config', 'G-3TT8HYRH0Y'); Open Menu Registrar-se Acesso English Español Ir para o conteúdo principal Ir para o menu de navegação principal Ir para o rodapé Preprints Submissão Áreas do Conhecimento Ciências Agrárias Ciências Biológicas Ciências da Saúde Ciências Exatas e da Terra Ciências Humanas Ciências Sociais Aplicadas Engenharias Linguística, letras e artes Educação em Revista Memórias do Instituto Oswaldo Cruz 47º Encontro Anual da ANPOCS 48º Encontro Anual da ANPOCS 49º Encontro Anual da ANPOCS Sobre Sobre o Servidor Declaração de Privacidade Atualizações do Sistema Contato FAQ Ética no SciELO Preprints Avaliação de preprints Anotações em preprints (via Hypothesis) Avalie um preprint Notícias Início / Ciências Agrárias Preprint / Versão 1 High-Throughput Sequencing in Phytopathology: Genomics-Driven Diagnostics and Host-Pathogen Interactions article.authors6a0c2009e68e5 Laura Rossetto Pereira Instituto Biológico image/svg+xml https://orcid.org/0000-0001-5075-2356 Conceptualization Investigation Writing – Original Draft Preparation Writing – Review & Editing Matheus Potsclam Barro Universidade de São Paulo image/svg+xml https://orcid.org/0000-0001-9365-7658 Conceptualization Investigation Writing – Original Draft Preparation Writing – Review & Editing Ricardo Harakava Instituto Biológico image/svg+xml https://orcid.org/0000-0003-1431-2665 Writing – Review & Editing Funding Acquisition Juliana Freitas-Astúa Brazilian Agricultural Research Corporation image/svg+xml https://orcid.org/0000-0002-0506-6880 Funding Acquisition Writing – Review & Editing Pedro Luis Ramos-González Instituto Biológico image/svg+xml https://orcid.org/0000-0002-9640-6587 Conceptualization Supervision Writing – Review & Editing DOI: https://doi.org/10.1590/SciELOPreprints.15358 Palavras-chave: Next-generation sequencing, Plant pathogen detection, Plant health surveillance Resumo Plant diseases severely constrain agricultural productivity, exacerbating food insecurity, economic instability, and environmental degradation. Global trade and climate change further intensify pathogen spread, emergence, and host shifts. While traditional diagnostics and targeted assays, such as PCR and ELISA, improve specificity, they depend on prior knowledge and are limited in detecting novel or mixed infections. High-throughput sequencing (HTS) has emerged as a transformative, unbiased platform that allows comprehensive detection of known and unknown pathogens through metagenomics and transcriptomics. By generating large-scale genomic data, HTS supports pathogen discovery, epidemiological surveillance, quarantine systems, and genome-informed disease management. It underpins advanced strategies, including CRISPR-Cas editing and RNA interference, and accelerates the breeding of resistance. Despite challenges—such as bioinformatics standardization, cost, and data interpretation—HTS, when integrated with classical diagnostics and biological validation, represents a foundational technology for sustainable, proactive plant health management and global phytosanitary resilience. Downloads Os dados de download ainda não estão disponíveis. PDF (Inglês) Postado 13/03/2026 Como Citar High-Throughput Sequencing in Phytopathology: Genomics-Driven Diagnostics and Host-Pathogen Interactions. (2026). Em SciELO Preprints . https://doi.org/10.1590/SciELOPreprints.15358 Formatos de Citação ACM ACS APA ABNT Chicago Harvard IEEE MLA Turabian Vancouver Baixar Citação Endnote/Zotero/Mendeley (RIS) BibTeX Série Ciências Agrárias Copyright (c) 2026 Laura Rossetto Pereira, Matheus Potsclam Barro, Ricardo Harakava, Juliana Freitas-Astúa, Pedro Luis Ramos-González Este trabalho está licenciado sob uma licença Creative Commons Attribution 4.0 International License . .citations-container { overflow-y: auto; overflow-x: hidden; max-height: 1000px; } Plaudit Declaração de dados Os dados de pesquisa estão disponíveis sob demanda, condição justificada no manuscrito Aviso de preprints Preprints são manuscritos não avaliados por um periódico científico ou já avaliados mas em processo de publicação. .block_announcements_article:not(:last-child) { padding-bottom: 1.5em; border-bottom: 1px solid; } .block_announcements_article { text-align: left; } .block_announcements #show-all{ font-style: italic; } Notícias SciELO Preprints adota obrigatoriedade de declaração de disponibilização de dados de pesquisa 19 agosto 2025 A partir de 1º de setembro de 2025 os manuscritos submetidos ao SciELO Preprints devem incluir uma declaração de disponibilidade de dados informando sobre onde e como os dados da pesquisa que deram origem ao artigo podem ser acessados. Atualização da Política Editorial e FAQ 21 maio 2025 Todos(as) os(as) autores(as) são solicitados(as) a consultarem a nossa Política Editorial e nossas FAQs antes de submeterem o seu manuscrito. Prêmio Ben Barres Spotlight: Inscrições abertas para 2024 20 maio 2024 Prêmios de até US$ 5.000 estão agora disponíveis para pesquisadores de origens sub-representadas ou países com financiamento limitado para apoiar sua pesquisa, carreira e comunidade. Preprints do SciELO Preprints nas ciências da vida ou biomédicas com pelo menos uma revisão disponível no Sciety são elegíveis! Show all announcements ... SciELO - Scientific Electronic Library Online Rua Dr. Diogo de Faria, 1087 – 9º andar – Vila Clementino 04037-003 São Paulo/SP - Brasil E-mail: [email protected] app = {"hypothesisHandlerUrl":"https:\/\/preprints.scielo.org\/index.php\/scielo\/$$$call$$$\/plugins\/generic\/hypothesis\/controllers\/hypothesis\/"}; var pkpUsageStats = pkpUsageStats || {};pkpUsageStats.data = pkpUsageStats.data || {};pkpUsageStats.data.Submission = pkpUsageStats.data.Submission || {};pkpUsageStats.data.Submission[15358] = {"data":{"2026":{"3":"47","4":"35","5":"16"}},"label":"Todos os downloads","color":"79,181,217","total":98}; var pkpUsageStats = pkpUsageStats || {};pkpUsageStats.locale = pkpUsageStats.locale || {};pkpUsageStats.locale.months = ["Jan","Fev","Mar","Abr","Mai","Jun","Jul","Ago","Set","Out","Nov","Dez"];pkpUsageStats.config = pkpUsageStats.config || {};pkpUsageStats.config.chartType = "bar"; (function (w, d, s, l, i) { w[l] = w[l] || []; var f = d.getElementsByTagName(s)[0], j = d.createElement(s), dl = l != 'dataLayer' ? 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