Large-scale activity analysis of gut prophages reveals significantly active lineages in the human gut
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References (75)
- A genomic atlas of the human gut virome elucidates genetic factors shaping host interactions via crossref
- BinDash 2.0: New MinHash Scheme Allows Ultra-fast and Accurate Genome Search and Comparisons via crossref
- GuFi phages represent the most prevalent viral family-level clusters in the human gut microbiome via crossref
- Prophage induction contributes to alterations in the gut phageome during intestinal inflammation via crossref
- Prophage induction shifts community composition and functional capacity in a <i>Sargassum</i> -derived multispecies biofilm via crossref
- Species-specific prophage induction by ciprofloxacin in human gut metagenomes via crossref
- doi:10.1038/s41467-026-68726-4 via crossref
- doi:10.1126/science.aaf8451 via crossref
- doi:10.1038/s41522-025-00674-1 via crossref
- doi:10.1371/journal.pgen.1005861 via crossref
- doi:10.1093/emboj/18.15.4299 via crossref
- doi:10.1371/journal.pbio.3002787 via crossref
- doi:10.1038/s41467-025-66733-5 via crossref
- doi:10.1038/s41586-025-09786-2 via crossref
- doi:10.1093/ismejo/wrae202 via crossref
- doi:10.1038/s41586-023-05989-7 via crossref
- doi:10.1093/nar/gkab824 via crossref
- doi:10.1016/j.chom.2025.07.004 via crossref
- doi:10.1093/nar/gkab064 via crossref
- doi:10.1038/nmeth.2693 via crossref
- doi:10.1038/s41579-025-01156-z via crossref
- doi:10.1038/s41564-023-01345-7 via crossref
- doi:10.1038/s41467-022-31390-5 via crossref
- doi:10.1038/s41467-024-50777-0 via crossref
- doi:10.1016/j.mib.2017.04.009 via crossref
- doi:10.1038/s41396-023-01414-z via crossref
- doi:10.1038/s41396-021-01097-4 via crossref
- doi:10.1038/s41467-023-44370-0 via crossref
- doi:10.1186/s40168-018-0573-6 via crossref
- doi:10.1038/s41586-019-1237-9 via crossref
- doi:10.1111/mmi.14983 via crossref
- doi:10.1016/j.chom.2026.01.016 via crossref
- doi:10.1016/j.chom.2019.10.009 via crossref
- doi:10.1016/j.mib.2023.102379 via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/btu170 via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/btv033 via crossref
- doi:10.1038/s41587-018-0009-7 via crossref
- doi:10.1038/s41587-018-0008-8 via crossref
- doi:10.1038/s41591-019-0559-3 via crossref
- doi:10.1038/s41592-023-01940-w via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/btac672 via crossref
- doi:10.1371/journal.pone.0009490 via crossref
- doi:10.1093/nar/gkad359 via crossref
- doi:10.1038/s41587-023-01953-y via crossref
- doi:10.1186/s40168-020-00867-0 via crossref
- doi:10.1186/s40168-020-00990-y via crossref
- doi:10.1038/s41587-020-00774-7pmid-33349699 via crossref
- doi:10.1006/jmbi.1990.9999 via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/btq033 via crossref
- doi:10.1186/1471-2105-11-119 via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/bty191 via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/btp352 via crossref
- doi:10.1038/s42003-025-09276-1 via crossref
- doi:10.1038/s41592-023-02018-3 via crossref
- doi:10.1038/nbt.4306 via crossref
- doi:10.1038/nmeth.3176 via crossref
- doi:10.1186/s40793-024-00659-1 via crossref
- doi:10.1038/nbt.3988 via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/btx157 via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/btac776 via crossref
- doi:10.1093/nar/gkf436 via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/btab007 via crossref
- doi:10.1038/s41587-019-0100-8 via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/btae119 via crossref
- doi:10.1371/journal.pcbi.1002195 via crossref
- doi:10.1093/bioinformatics/btx433 via crossref
- doi:10.1002/cpbi.90 via crossref
- doi:10.1038/s41587-025-02946-9 via crossref
- doi:10.1038/s41575-025-01134-z via crossref
- doi:10.1038/s41467-023-44290-z via crossref
- doi:10.1038/s41579-021-00602-y via crossref
- doi:10.1016/j.cub.2025.03.073 via crossref
- doi:10.1038/s41396-018-0061-9 via crossref
- doi:10.1038/s41579-022-00755-4 via crossref
- doi:10.1038/s41586-024-07396-y via crossref
Source provenance
- crossref
- last seen: 2026-05-24T01:00:17.726547+00:00
- europepmc
- last seen: 2026-05-20T01:45:00.602351+00:00
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